Kõik autoklaavitavad biomeditsiinilised jäätmed tuleb esmalt panna heakskiidetud ja märgistatud autoklaavikotti. Teravad esemed, nagu nõelad ja skalpellid, tuleb enne steriliseerimist panna heakskiidetud märgistatud servadega teravate esemete konteinerisse. Ärge asetage kotti teravaid pipette ega klaasikilde. Need jäätmed tuleb panna kastidesse või ämbritesse ja autoklaavida või steriliseerida vedela steriliseerimisvahendiga, näiteks 10% naatriumhüpokloritiga. Autoklaavis steriliseeritavatel biomeditsiinilistel jäätmetel peab olema indikaator, mis tõendab, et jäätmed on autoklaavitud, enne kui neid saab kõrvaldada. Kui steriliseerimistsükkel on lõppenud, on paljudel autoklaavikottidel indikaator "AUTOCLAVED". Kastidele ja tünnidele tuleb enne autoklaavimist ja prügikasti panemist paigaldada indikaatorid. Potentsiaalselt nakkusohtlikud jäätmed peavad olema märgistatud "biooht" ja konteinerile kinnitatud bioloogilise ohu märgis. Mitteohtlike materjalide (nt uuritavate loomade tarvikud, söötmed ja laboriseadmed) steriliseerimiseks steriilses keskkonnas piisab märgistamata tavalistest anumatest.
Enne alustamist tuleb autoklaavikotti panna umbes 50–100 ml vett, et hõlbustada kotis auru teket. Kui see vesi on koormas loomulikult olemas, ei ole vaja vett täiendavalt lisada. Autoklaavikotid peaksid olema hästi pakitud, et vältida nende lekkimist. Kui aga teip on liiga tihedalt mähitud, võib koti sees tekkida aururõhk, mis võib põhjustada selle rebenemise. Ärge kahekordistage oma prügikotte. Autoklaavikotid on konstrueeritud nii, et need oleksid auru läbilaskvad, kuid topeltkott takistab auru voolu läbi koti. Ärge täitke kotti ega autoklaavi üle, kuna halb auruvool võib segada steriliseerimisprotsessi. Parem on mitte panna kotti otse autoklaavi. Need tuleks asetada roostevabast terasest või polüpropüleenist alustele.
Vedelike autoklaavimisel ärge täitke anumat rohkem kui 75%. See tagab, et vedelikul on kuumenemisel ruumi paisuda. Kuna auru kasutaminesteriliseeridavedelikud võivad olla problemaatilised, on kõige parem kasutada vedelate jäätmete steriliseerimiseks võimalusel keemilisi aineid. Kui teadlased otsustavad vedelike steriliseerimiseks kasutada auru, peab vedelikku sisaldav konteiner taluma autoklaavi tingimusi. Kasutada võib boorsilikaatklaasist või polüpropüleenist mahuteid. Eemaldage kindlasti anuma kaas, et protsessi ajal rõhk tõuseks. Autoklaavimise ajal asetage lahtised klaasnõud ja vedelikumahutid alati sekundaarsetesse mahutitesse. Vedeliku autoklaavist eemaldamisel kandke pakse kuumakindlaid kindaid, kaitseprille ja kummipõlle. Vedelkoormuste korral tuleb autoklaavi õhutustsükkel seada väga aeglaselt. See annab vedelikul aega jahtuda alla 100 kraadi, nii et see ei kee, kui rõhk langeb. Kui töö on lõppenud, avage aeglaselt uks ja minge tagasi, kuni aur on tühjenenud.
